قد تتسبب الإصابة بمرض كرون بالنسبة للأطفال بمضاعفات مزعجة كثيرة، تشمل أموراً مثل تأخر النمو وتأخر الدورة الشهرية وضعف العظام. فقد يتسبب هذا المرض بسوء في امتصاص العديد من المواد الغذائية ما قد يؤثر على الأمور المذكورة آنفاً.