على الرغم من أن حبوب البكتيريا النافعة تعتبر امنة للاستخدام من قبل معظم البالغين والأطفال، لابد من استشارة الطبيب قبل البدء بأخذها.
ذلك لأن حبوب البكتيريا النافعة تعتبر خطرة على الأطفال الرضع وبعض الأشخاص ذوي المناعة المنخفضة، إما بسبب مرض، أو إجراء طبي معين كالعمليات الجراحية، أو بسبب أخذ أدوية تثبط المناعة كالعلاج الكيميائي