يغلب الطابع الجبلي على جغرافيا طاجيكستان، حيث تشكل الجبالما نسبته 93% من البلاد، ومن أهمها سلسلة جبال آلاي في الشمال، وجبال بامير في الجنوب الشرقي، ويصل ارتفاع أكثر من نصف أراضي البلاد إلى أكثر من 3000 متر، ويعتبر جبل كيولاي اسمويلي ألعى نقطة في طاجيكستان، حيث يصل ارتفاعه إلى 7495 متراً، وتحيط الوديان العميقة بالسلاسل الجبلية، ممّا يشكل متاهة كبيرة من أنهار المياه الباردة، وتحتوي الجبال الشرقية على العديد من الأنهار الجليدية والبحيرات، مثل نهر فينتشنكو الجليدي الذي يغطي مساحة تُقدّر ب 700 كيلومتر مربع، وهو أكبر نهر جليدي غير قطبي في العالم، أمّا أقل ارتفاعات في البلاد فهي موجودة في الشمال الغربي والجنوب الغربي وفي وادي فرغانا في الجزء الشمالي من طاجيكستان.