ثارت الفتنة بين المسلمين بسبب مقتل الخليفة عثمان بن عفان واستمرت الفتنة ثلاثة عشر عام, عاد عقبة خلالها إلى مصر منشغلا بالعبادة والتفقه في الدين بعيدا عن الفتنة.وقد انتهت الفتنة في عام 40هـ بولاية معاوية بن أبي سفيان الخلافة