هناك بعض الاثار الجانبية لتناول فيتامين ب6، منها:
عندما يؤخذ عن طريق الفم: يعتبر فيتامين ب6 امنا للغاية لمعظم الناس عند استخدامه بشكل مناسب، ولكن لدى البعض الغثيان والقيء والاسهال والام في المعدة وفقدان الشهية والصداع والنعاس في حال الإفراط بتناوله.
فيتامين ب6 غير امن عندما يؤخذ عن طريق الفم بجرعات كبيرة على المدى الطويل، فإنه قد يسبب مشاكل في الدماغ والأعصاب.
عندما يعطى بواسطة IV: فيتامين ب6 امن للغاية عندما يعطى بواسطة IV تحت إشراف طبي.
عندما يعطى على شكل ابر: يعتبر فيتامين ب6 امنا عندما يتم اعطائه عن طريق الإبر في العضلات تحت إشراف طبيب، والإكثار منه قد يسبب مشاكل في العضلات