يعد الفطر من أكثر الإضافات شيوعا في الأطباق والسلطات على مستوى العالم وبالرغم من كل فوائد الفطر إلا أنه ليس آمن ويمكن أن ينتج عنه آثار سلبية ومن الجدير بالذكر ان الفطر الموجود في المتاجر هو آمن ولا يشكل أي خطر ولكن هناك بعض أنواع من الفطر يمكن أن تتسبب في مشاكل خطيرة وهي كالآتي:
يمكن أن يحدث تلوث للفطر وهي نتيجة عدم تنظيفه بطريقة صحيحة أو حدوث تلوث تبادلي مع الفطر والأطعمة الحيوانية الأخرى ويجد الإشارة إلى أن أعراض التلوث للفطر هي القيء والدوار والإسهال وبعض الآلام أو التقلصات في البطن والمعدة.
تم التوضيح سابقا إلى أن الفطر الذي يتم بيعه في المتاجر هو آمن جدا ما دام من يتناوله ليس لديه تحسس من الفطر لكن يوجد بعض أنواع الفر البرية التي يمكن أن تتسبب في التسمم والوفاة.
يوجد نوع من الفطر يطلق عليه الفطر السحري وهو مسبب رئيسي للهلوسة والسلوكيات والتصرفات الوهمية ويفصل الإنسان عن وجوده في البيئة المحيطة ليأخذه إلى مكان وهمي لا يشعر الإنسان بهذه الأعراض إلا بعد تناوله بفترة عشرون دقيقة ويمكن أن تنتهي هذه الأعراض بعد مرور ست ساعات ويجوز أن يتسبب في مضاعفات أخرى مثل الضعف في عضلات الجسم والقيء وعدم انتظام في الحركة.
قد تتسبب الجرائيم الناتجة من الفطر في بعض أنواع الحساسية لبعض الأشخاص الذين يعانون من الحساسية ضد الفطريات حيث تتسبب في مضاعفات للأفراد الذين يعانون من الحساسية مثل الربو أو الالتهاب في الجهاز التنفسي أو أمراض في الرئة.
بالرغم من عدم وجود سعرات حرارية مرتفعة في الفطر إلا أنه عند إضافته مع وجبة ذو سعرات حرارية عالية يمكن أن يفسد نظام الريجيم المستخدم لذا يجب توخي الحذر عند إضافة الفطر للوجبات عالية السعرات الحرارية.